Ә. Бөкейхан – дін мен мемлекет арақатынасының тарихта талай мемлекеттердің тағдырына, бүгінгісі мен ертеңгісіне ықпал еткендігін терең түсінген ойшыл-ғалым. Мемлекет пен дін арасындағы байланыстарды ақылға сыйымды ізгілік жолына салу күрделі мәселе болып келген. Қай заманда да дінді ноқталап, саяси мақсатқа икемдеуге тырысатындар мен мемлекетті шектеп, дінге бағындыруға да ұмтылатын күштер болған, тіпті олар талай қақтығыстарға, қантөгістерге, нәубетке шалдықтырған. Қайғылы жағдайлар Еуропа, шығыс және мұсылман елдері халықтарының басынан өткен. Барлық елдердің ақылды, парасатты ойшылдары осы жалпы адамзаттық мәселенің шешуін іздеген. Соның бірі – Әлихан Бөкейхан. Ұлт және дін ХХ ғ. басында Ресейде отарланған ұлттар арасында ислам дініне терең бетбұрыс байқалды. Ресей мұсылмандарының 30 жуық газет пен журналдары шыға бастады. Патша үкіметінің орыстану саясатына қарсы күреске ислам діні күш-қуат беріп, ұлтты сақтаудың тірегіне айналды. Ислам діні ұлт – азаттық қозғалыстың рухани қолдаушысы болды, имам-молдалар көтерілісшілерге оң батасын беріп отырған. Ә. Бөкейхан ауыл мектебінде мұсылманша сауатын ашқан. «Киргизы» («Казахи»), «Дін таласы», «Қ.Оязындағы моллалардың баяны», «Рамазан айы жақындаған тақырыпты», «Қазақша муфтилік мәселесі (рухани істер басқару)», басқа да қазақ және орыс тілдеріндегі еңбектерінде дін және мемлекет, діннің қоғамдағы қызметі, ислам дініндегі кісілік пен адамгершілік, ғылым мен білімнің қисынды үйлесімдігі туралы мәселелерге терең мән береді. Кейбір мақалалары «мусульманин» деген бүркеме атпен де шыққан. 1910 жылы Петербург-Петроград қаласында А.И.Костелянскийдің редакциялығымен шыққан «Формы национального движения в современных государствах» атты еңбекте Ә. Бөкейханның «Киргизы» («Казахи») атты көлемді еңбегі жарық көрген. Бұрын исламға қазақтар үстіртін қарахан, Меккеге бірен-сараң қазақ барса, 1905 жылы әртүрлі тосқауылдарды айтпағанда, тек Омбы канцеляриясынан шетелдік паспортты 500 адам алған. Жер мен дін мәселелері қазақтар үшін ең өткір мәселелер болған. Жәрмеңкелер саяси сьездерге айналып, онда патшаға петициялар қабылданған. Ә. Бөкейхан қазақ интеллигенциясының екі бағыт ұстанғанына назар аударады. Бір жағынан, орыс, батыс әдебиеті мен мәдениетінде тәрбиеленген интеллигенция, ұлттың бақытын батыс мәдениетін енгізумен байланыстырады, дін мәселесін алға тартпайды. Екінші жағынан, шығыс ілімі мен ұлттық діни құндылықтар негізінде тәрбиеленген интеллигенция өкілдері ислам ғылымын имандылық бірлігін саналы түрде ұлттық бірлікпен байланыстырады. Орыс интеллигенциясымен салыстырсақ, дейді Ә.Бөкейхан, бірінші топты батысшылдар, екіншілерін түркішілдер, панисламизмнің жақтаушылары деуге болар. Соңғылар қазақ арасында басым, себебі орыстандыру саясаты батыс, орыс білімі мен мәдениетіне сақтықпен қарауға мәжбүрлейді. 1905 жылдың маусым айында Қарқаралы уезінде, Қоянды жәрменкесінде 14500 қазақ Министрлер Комитеті атына жолдаған петицияда патша үкіметінің зорлық-зомбылықтарын айта келіп, былай делінеді: «В насильственном же вторжении государства в среду религиозных дел киргизы видят явное посягательство на их веру и относятся с недоверием к действию правительства....». Осы петицияда қазақтардың дін істерін ішкі істер министрлігі қарауынан жеке дін істері жөнінде орган құру, болмаса Орынбор дін орталығына басқарту талабы қойылды. Ислам бірте-бірте қазақтардың саяси өміріне ықпал ете бастады. Болашақта Ә. Бөкейхан қазақ жерінде екі саяси партия ұйымдасу мүмкіндігін болжады. Оның бірі ұлттық-діни бағыт ұстанып, қазақтардың барлық мұсылмандарымен бірігуін мұрат тұтады. Екіншісі – батыстық бағыт, батыс мәдениетін енгізуді қолдайды. Біріншісі –мұсылман-татар партияларын, екіншілері-оппозициялық орыс партияларын, нақты айтқанда халық бостандығы партиясының үлгісін алады [1].Қазақтардың ислам дініне бетбұрысы патша билігінің мазасыздығын туғызды, отарлаушылар әртүрлі тосқауылдар мен кедергілер жасады: қазақтардың қажылық парызын өтеуіне, мектеп, медреселерде қазақ тілінде білім алуына, мінареттер салуына тыйым салды; жетім-жесір қазақ балаларын шоқындыруға тырысты. Бұл саясат қазақтардың да ашу-ызасын туғызды [2].Орыстандыру саясаты кейбір қазақ интеллигенциясы мен дін өкілдерінің арасында жалпы батыс, орыс мәдениетіне, қазақ жастарын орыс тілінде зайырлы білім алуына қарсылық туғызатын ағымдар әкеледі. Діни фанатизм Ұлт көсемі, бір жағынан, патша үкіметінің орыстандыру, шоқындыру саясатын сынаса, екінші жағынан, имам-моллалардың надандығын сынға алып, қазақтарды фанатизмнен, бірбеткейлік соқыр сенімге бой алдырудан сақтандырады. Қазақ даласындағы діни бірбеткейліктің, фанатизмнің басты себебін айта келіп, Ә.Бөкейхан елдің діни сауатсыздығының себептерін де талдайды. Қазақ даласында ұнамды моллалар болған, бірақ елді бұзатын шала мұсылманша оқу білетін қазақ, қашқын ноғай, сарт, тәжік молдалары еді. Ал надан қазақ оларды діннің қуаты деп мойындап, қарсы келгендерді күнәһар деп есептейді. Қазақ ақындары халықты қорғап, Алихан сөзімен айтсақ, жүлік моллаларды сынап өлеңдер де шығарған. Ең өкініштісі, кейбір дін өкілдері ел арасында діни алауыздықты қоздырады, мұсылман дініндегілерді кінәлі болса да қарсыласы орыс иә еврей болса, ақтауға болады; бөтен діндегілердің нәрсесін алған қылмыс емес деп халықты адастырады. Олардың арасында сайлау кезінде болысқа түскендерді қолдап пайда тапқандар да, болысқа сайланып халыққа талай зәбір де жасағандар да болған. Қазақ, дейді ел қамқоршысы, кімді қолдайтынын, кімнен сыйластық табатынын, сонымен бірге кімнен пәле келетінін, кімнің кіріптар қылатынын айыра білуі керек. Ел ішіндегі шала молдалар «Тәйірі, тарих не керек?! Ол не айтады дейсің, әншейін ертегі, өтірік қой деп!» елдеің тарихи білімінің пайдасына күмән туғызған. «Тарих-түзу, жөнді үйретуші, тарих түзушіліктің кітабы, тарих тіршілікте жолбасшы дейтініміз осы» деп түйеді интеллектуал [3]. «Жақсыға ерсең, жетерсің мұратқа, жаманға ерсең, қаларсың ұятқа» деген қазақ мақалын еске салады. Молланың міндеті халықтың таза мінезге тәрбиелеу. Шариғат ғылымы мен білім жақсы адамдарға тән қасиеттерге үйретеді. Ә. Бөкейхан үшін ислам – тек наным-сенім, Жаратушыға құлшылық, діни парыздарды орындау ғана емес, ол ғибраты мен жақсылығы мол, сабыр мен тағатшылық, кеңдік пен кісілікке бастайтын дін. «Коран и Шариат не стоят в противоречии со всеми разумными реформами, признанными потребностями времени, и что науке и просвещение не чужды учению Магомета» [4] деп, ол діни догматика шеңберінде ғана ойлайтындарды сынға алды. Қайырымдылық Әлихан Бөкейханның 1916 жылы «Қазақ» газетінде жариялаған «Рамазан айы жақындаған тақырыпты» деген мақаласы назар аудартады. Оразаға тек, ауыз бекіту, харам істерден, оразаны бұзатын қылықтардан сақтану, оның шарттарын мүлтіксіз орындаумен шектелмейді, бұл айға «адамшылық, ұлтшылық істері жағынан қарап, біраз тексеріп көрейік», – дейді. Осылай дін мен ұлт мәселесі үйлесім, жарасым табатын жолдарын жанашырлықпен көрсетеді. Ә.Бөкейхан рамазан айының алдымен жалпы адамзаттық мәніне зор мән береді. Бүгін де Қазақстанда діни қызметкерлер уағыздар айтудан, ал зайырлы азаматтар дінді тек сырттай білгеннен әрі аса алмай жүрген жағдайда, оның дінді күнделікті өмір талабымен, мұқтажымен байланыстыру туралы ойы өткір мәселе болып отыр. Басқа айда өз қалауынша ішіп-жеп үйренген пенде, ендігі жерде судың бір тамшысын, тамақтың бір түйірін аузына салу үшін Ұлы Иесінің «азан» атты бұйрығын күтеді. Ендігі жерде ол нәпсінің жетегінде емес, нәпсісі оның жетегінде жүрмек [5]. Дәулетті адамдар кейде шала тойып, кейде аш жүретін жетім жесір, кедей-кепшіктердің хал-ахуалын ұғынып, аштықтың, жоқтықтың не екенін жән-тәнімен сезінеді. Сөйтіп, оның қатая бастаған жүрегі мейлінше жібіп, оларға деген мейірімі оянады. Бұдан былай ол жетім көрсе жебеп, кедей көрсе демеп жіберуді өзінің ұмытылмас борышы деп біледі. «Жалғыз-ақ рамазан айы,-дейді гуманист-ойшыл»-әр жердегі халықтардың бастарын қосып, бір-бірінің халдерімен танысуға, пақырлардың халдерін ескеріп, оларға жәрдем беруге, жұртқа теңдік-құрдастық, ынтымақ-бірлік, саулық-тазалық һәм құлшылық-құдайшылық сияқты істерді үйретуге басқа айлардан гөрі көп артық». Бұл айда адамдар дініне, ұлтына, кәсібіне қарамастан бір-бірін жатсынбайды, бауырмалдыққка, кісілікке жақын болады, сондықтан оның қадірі де, құрметі де зор. Тек бұл қымбат айды немен өткізбек? Ислам дініндегі халық, оның ішінде біздің қазақтар, қадірлі қызметтерін кімге көрсетпек және кімге бермек, артықша шат көңілмен бұл айды қалай өткізеді деген сауалдар төңірегінде ол ой толғайды және ұлтқа ақыл-парасатты жол сілтейді. Маңдай терін төгіп тапқан зекетке шығарған малын, пітір садақасын молдаға апарып беріп, олардың батасын алады, басқа айлардан гөрі артықша құрмет етеді, олардың тұрмысына жеңілдік жасайды. Дүниеден озған туған-туыстарын да еске алады. Бұл – қажетті істер. Бірақ түптеп қарасақ, зекет, пітір садақа, басқа да уәжіп садақалардың жалғыз молдалар ғана болмасын дейді ел қамқоршысы. Пақыр, мұқтаж жалғыз бұлар ғана емес, аузы қолына жетпей, қысқа жіп күрмеуіне келмей, мұң-мұқтаж көп, «ұлттығын сақтау үшін тіршілік ретіндегі ғылымға сусыған халық пақыр мұқтаж»,-дейді автор. Мұқтаждық, тапшылық тек бір молданың басында ғана емес, бүтін халықтың – ұлттың басында. Әсіресе қазақ сияқты өнер білімнен құр алақан, ал білім аларлық қаржыға зәру халықтың жастарын оқу-білімге тартуға қызмет еткендер құдайшылық та, адамшылық та парыздарын өтеген, екі дүниеде де зор сауап та болады. Ә.Бөкейхан Құран кәрімде баян етілген садақа орындарын қазақ тұрмысына бейімдеп таратады. «Пақыр»-бір кісінің де, болмаса көптің де, ұлттың да мұқтаждығы. Ұлтқа не керек? Алла тағала «садақаларыңды мұқтаж болған адамдарға беріңдер» деп көптің қамын ойлап отыр. «Ибн Ассубилге» беріңдер дегені- мұқтаждық халдегі жолаушылар мен некесіз туған шаһарлы жерлерде асыраушы болмағандықтан тастап кеткен балалар. Ұлт мұқтаждығын көздеуде бұл ақылды жол. Бұл бүгінгі Қазақстан үшін де өткір – тастанды балалар мәселесі. «Фәл субил-аллаға» дегені – оқу жолындағы барша шәкірттері мен ұлт мұқтаждығын өтейтін орындарға байланысты. Мысалы, бүгін де ол денсаулық сақтау, ақын, жазушылар мен мәдениет қызметкерлері мен мәдениет мекемелерін қолдау деуге болады. «Уа алғараминге» беріңдер дегені – қиындық көріп, сасып сергелдеңге түскен, жаны қиналған адамды қолдап жіберу. Қалай болғанда да садақа беру зәрулік көрген адамды тапшылықтан құтылдыру. Халық та сол талай-талай тапшылықыты сезінеді және қолдауға мұқтаж. Адамдар, – дейді ұлт лидері, – Құран кәрімде айтылғандай, пайдалы орынға өздерінің сүйген, қимас нәрселері мен малын шығармай тұрып, ізгілік, жақсылық деген нәрсеге жете алмайды. Сонымен, Ә.Бөкейхан үшін Рамазан айы дін мен ұлт мүдделерінің үйлесім табатын, елге шын көңілмен қызмет істеуге қызықтыратын ай. Садақа бір кісіге емес, тұтастай ұлт қамы, бүтін ұлттың пайдасына, біліміне арналған қамқорлық. Дін мен дәстүр Ә. Бөкейхан қазақтың мыңжылдық заңының жолы шариғат қағидаларына үйлеспейтініне Ә. Бөкейхан шариғат заңы мен ұлттық дәстүр үйлесіміне назар аударады. «Қазақ бұрынғышыл жұрт» дейді ол. Шариғат қағидаларымен қазақтың бұрынғы жолы жарасым таба алмайды. «Қазақта муфтилік мәресі» атты мақаласында мынандай мысалдар келтіреді. 1. Бай өліп жесір қалған қатын 4 ай 10 күн ғадат (әдет) сақтау тиіс. (Құран, 2-інші сүре, 234-інші аят). Сонан кейін бір жаққа барам десе, біреуге күйеуге шығам десе, шариғаттың үкімі бойынша ерік. Қазақ 1000 жылдық заңын сақтап, әмеңгеріне қосады. 2. Бір адам өлген соң артында баласы қалмаса, шариғат бойынша –мүлкінің төрттен бірін қатынға тиеді. (Құран, 4-інші сүре, ІІ-інші аят). Қазақ «Атым өлсе сауыры мұра, ағам өлсе жеңгем мұра» деген қазақтың қағидасы даяр тұр.6) Ол бұл осындай шариғат үкімі мен қазақ дәстүрінің үйлеспейтін тұстарына назар аудара отырып, демократ Ә.Бөкейхан қазақтың отбасылық істері әйел еркіндігі тұрғысынан шешілуіне назар аударады.

«Тағы да би һәм билік» атты мақаласында ол қазақ еліндегі сот билгі туралы мәселеге назар аударады. «Шірік жіп қанша жалғағанмен» іске жарамайды, сондықтан қазақтың би билігін өзгертіп орыс судьясына қарату керек деп орыс айтады. Шариғатқа қарату керек деп моллалар айтады. Ә.Бөкейхан бұл пікірлер екеуіне де қосылмай, дәстүрлі қазақ билерінің қазаққа, жұрт отасында, ыңғайлы болғандықтан жұртқа жақын. Ал «қазаққа әкеліп мұжық қамытын кигізе салсақ, бұл бір түске кірмеген қиыншылық. Мұнан безу керек», – дейді ол [7]. Себебі, судья біздің жұрттың тілін білмейді.Біздің өзімізден судья болатын қазақ жоқ есебінде. Қазақ мұсылман дегені болмаса шариғатқа шала, сондықтан сауатсыз ауылнайлардың зорлығына халық құл болады деп Ә.Бөкейхан елді қорғайды. Айта кетейін, діндегі үстүртіндік тек бұрынғы мұсылман қазақтарға ғана тән құбылыс емес, бұл сол кездегі православ, католиктерге де тән болды. Екіншіден, бұл үрдіс діншіл болып көріну, сырттай діншілдік етек алды. Ә. Бөкейхан және бүгінгі тәуелсіз зайырлы қазақ мемлекетіҰлт көсемінің зайырлы тұжырымдары туралы пікірлері «Алаш партиясының бағдарламасының жобасында» толық көрініс алды: «Дін ісі мемлекет ісінен айырылуы болды». ҚР Конституциясының 1-бабында Қазақстан Республикасы өзін демократиялық, айырлы мемлекет деп орнықтырды. Бірақ «зайырлы мемлекет» ұғымын түсінуде әртүрлі пікірлер айтылуда. Айта кету керек, көптеген мемлекеттердің Конституциясында мемлекет өзін «зайырлы» деп жариялай бермейді. «Зайырлылық мемлекет» туралы аз ғана мемлекеттердің Конституцияларында жарияланды: Еуропада Ресtйден басқа екі мемлекет – Түркия (1927ж.) және Франция (1946ж.). Олардың ішінде тек РФ Конституциясында діни бірлестіктердің мемлекеттен бөлінгендігі туралы айтылған. «Мемлекеттің зайырлылығы» деп айтылуы діни мемлекет» дегенге қарама-қарсылығын көрсетеді және олар сан жағынан басым. Көптеген «зайырлығын жариялаған» мемлекеттер, олардың діннен бөліну принципін конституцияларына енгізген. Ал әлемде тек РФ, Азербайжан, Қырғызстан және Түрікменстан Конституцияларына зайырлылық принципімен қатар бөліну принципін де қоса енгізген. ҚР Конституциясында «зайырлылық» принципінің мәні оның басқа баптарында нақтыланады. «Қазақстан Республикасында идеологиялық және саяси әр алуандылық танылады» делінген. Дін де идеология, оны басты мақсаты адамдарды Құдаймен байланыстыру болғанымен, ислам мен православия жиырма бес жыл ішінде келісім мен тұрақтылық саласында ынтымақтастықта, бірлесіп жұмыс жасауға негіз болады.Сонымен бірге, Конституция діни бірлестіктердің заң алдындағы теңдігін нақтылы бағалауды талап етеді. ҚР Конституциясындағы «зайырлы» мемлекет деген ұғымның мәні психологиялық тұрғыдан белгісіз, екі ұшты. Біреулер «діни ұйымдардың еркіндігі» деп ұқса, екіншілері мемлекет атеизм қағидаларынан бас тартпайды десе, үшіншілері мемлекет пен діни ұйымдар бір-бірінен толықтай ажырасқан, бөлінген деп түсінеді. Көп жағдайда «дін» мен «діни бірлестіктер» арасындағы түбірлі айырмашылықтарды ажырата алмаушылық көірініс алды. Сондықтан зайырлы мемлекет ұғымы заңгерлермен саясаттанушылар үшін алғашқыда тиянақты, айқын болмады. «Дін біткенге тең құқық. Дін жаюға ерік. Кіру-шығу жағына бостандық. Муфтилік өз алдына болуы. Неке, талақ, жаназа, балаға ат қою сияқты істер моллада болуы, жесір дауы сотта қаралуы». «Мен кадет партиясынан неге шықтым?» деген мәлімдемесінде осы пікірін толықтырып, дәлірек нақтылап таратады. «Француз, орыс һәм өзге жұрттың тарихынан көрінеді [8], – дейді ол, – молла үкіметтен ақша алса, сатылып кетеді, рухани іс аяқ асты болады. Жалование алған моллалар үкіметке жетекші болып еріп кетеді» [9]. Демек, зайырлылық мәдениеті – ислам, христиан мемлекеттері ортақ құндылық. Бүгін зайырлы Тәуелсіз Қазақстанның Конституциясы мен заңдарында Ә. Бөкейхан идеясы жалғасын табуда. Дінге көзқарасына байланысты ешкімді кемсітуге болмайтынын, әркімге өзінің қай дінге жататынын өзі анықтауға және оны көрсету-көрсетпеуге хұқылы туралы қағидалар Конституцияға енгізілген.Ал «Діни қызмет және діни бірлестіктер туралы» заңның 3-бабының 7 бабында «Ешкімнің де өз діни нанымдары себептері бойынша Қазақстан Республикасының Конституциясы мен заңдарында көзделген міндеттерін атқарудан бас тартуға хұқығы жоқ»-делінген. Осы баптың 8-9 тармағында діни бірлестіктердің мемлекеттен бөліну қағидатына сәйкес мемлекет пен діни бірлестіктерінің қызметтері айқындалған. Сонымен рсеми тұрғыдан зайырлылық заңды күші қағида. Оның былайша тұжырымдап қорытынды жасауға болар: «зайырлы мемлекет ешбір дін мемлекеттік немесе міндетті дін ретінде белгіленбейді діни бірлестіктердің мемлекеттен бөлінуі олардың заң алдында теңдігі.  Ә. Бөкейхан қожа-молдалардың кертартпалығымен надандығын сынға ала отырып, діннің ғылым мен білімнің дамуын қолдаушы, адамды жаман істерден тежеуші, дұрыстыққа, имандылыққа тәрбиелеуші екеніне басты назар аударады [10]. Кеңес үкіметі кеткенмен, атеистік сана әртүрлі мазмұнда біздің елде әлі де көрініс алуда. Қазақстан Республикасының «Діни қызмет және білрлестіктер туралы» заңның 3-бабында «Мемлекет дін мен діни бірлестіктерден бөлінген» деп, мемлекет - конфессиялық қатынастарды қарастырғанда, дін мен діни бірлестіктердің ара жігін қоғамдағы орнын ажыратпай, діннің аса күрделі де маңызды әлеуметтік-мәдени институт, ерекше қоғамдық сана және әлеуметтік құбылыс ретінде мемлекеттен бөлінбейтіндігі ескерілмеген. Мемлекет азаматтарының ақыл-ой, парасатын айтпағанда, діни ғимараттар, діни әдебиеттер, діни оқу орындары, діни мерекелер, тағы басқа дінге байланысты іс әрекеттер бұрын да, бүгін де мемлекеттен бөлінген емес. ҚР «Діни қызмет және діни бірлестіктер туралы» заңда діни бірлестік деп «Қазақстан Республикасы азаматтарының, шетелдіктер мен азаматтығы жоқ адамдардың өз мүдделерінің ортақтығы негізінде діни қажеттіліктерін қанағаттандыру үшін Қазақстан Республикасының заңнамалық актілерінде белгіленген тәртіппен біріккен ерікті бірлестігі» деп бағалайды. Сонымен, Ә. Бөкейхан сараптағандай дін мен діни ұйымдар арасы біздің заңдарымызда айқындалмаған. Бүгінгі ғылыми әдебиетте жан-жақты, үлгі тұтатын, басшылыққа алатын мынау «зайырлы мемлекет» дегендей ел жоқ. Барлығы мақұлдаған үлгі болмағандықтан зайырлылық әр елде әртүрлі түсініліп келеді. Сонымен, Ә. Бөкейханның діннің қоғамдағы орны туралы идеялары бүгінгі Тәуелсіз Қазақстанның Конституциясы мен заңдарына негіз болады.