Қазақстан Республикасы ұлттық қауіпсіздік органдарының бірыңғай жүйесін – ҚР Ұлттық қауіпсіздік комитеті және оның құрамына кіретін департаменттер мен өзге де құрылымдық бөлімшелер, ҰҚК-нің облыстар бойынша, республикалық маңыздағы қала мен елордадағы аймақтық органдары, оларға бағынышты қалалық және аудандық басқармалар (бөлімдер, бөлімшелер), сондай-ақ әскери контрбарлау, ҰҚК-нің «Барлау» қызметі, ҰҚК-нің Шекара қызметі, арнайы мақсаттағы құрылымдар, ғылыми-зерттеу мекемелер және өзге де ұйымдар құрайды.

Бүгінде Ұлттық қауіпсіздік комитеті өз құзыреті шегінде Қазақстан Республикасы ұлттық қауіпсіздік органдарының бірыңғай жүйесіне, барлау, қарсы барлау, жедел-іздестіру қызметіне, мемлекеттік шекарасын күзетуге, үкіметтік байланыс қызметіне және «А» арнаулы мақсаттағы қызметіне басшылықты, оның құзыретіне жататын қызмет салаларында ведомствоаралық үйлестіруді, сондай-ақ мемлекеттік құпияларды қорғау саласындағы бірыңғай саясатты жүзеге асырады және Қазақстан Республикасында мемлекеттік құпияларды қорғау жөніндегі уәкілетті орган саналады.